El territorio de Amagá estuvo habitado originalmente por los indios Omogaes y Senufanáes. El primer conquistador español en llegar fue Álvaro de Mendoza, subalterno de Jorge Robledo. Los españoles denominaron esta comarca con el mote de Pueblo de las Peras, pues fue allí donde los ibéricos conocieron el aguacate, el cual se les parecía a las peras que ya conocían en España.
Al referirse a esta ciudad escribe el doctor Manuel Uribe Ángel: “Nos parece, y lo creemos con fundamento, que la cabecera del distrito de Amagá está hoy en el mismo valle en que estuvo un pueblo de indígenas llamado por los conquistadores El Pueblo de las Peras.
No ocurrió nada allí que pueda considerarse de interés histórico hasta el año de 1788. Este año, el 14 de julio, un caballero de nombre Miguel Pérez de la Calle, oriundo de Medellín, solicitó al Oidor Visitador don Antonio Mon y Velarde que decretase la fundación de un pueblo en el paraje llamado Amagá, debido a que allí residían multitud de ciudadanos y familias que lo habitaban con mucho entusiasmo constructor.
El Visitador Mon y Velarde accedió a la petición, y en decreto expedido el 4 de agosto de 1788 promulgó la fundación, a la cual ordenó que se llamase “San Fernando de Borbón”, en memoria del serenísimo Infante de España hijo del entonces Príncipe de Asturias. Pasó un largo tiempo hasta 1807 cuando, el 21 de febrero se erigió oficialmente la parroquia como tal.
En 1812 la población alcanza la categoría de distrito dependiendo de Santa Fe de Antioquia, la capital departamental en ese entonces.
Posteriormente, en diciembre 15 de 1851, Amagá fue elevada a la categoría de Cantón, el cual comprendería además deAmagá a las poblaciones de La Estrella, Heliconia, Fredonia, Itagüí, Caramanta y Titiribí.
Por 1906 se expande la industria, tradicionalmente cafetera, hacia la metalúrgica y la ferrería.
La atractiva localización de Amagá ocasionó inmigraciones bastante masivas desde Medellín que querían localizarse allí (así como en otras regiones del suroeste de Antioquia). Descuajaron los montes y construyeron haciendas al tiempo que fundaron muchísimos caseríos.
Afirma este respecto el historiador Uribe Ángel: “Desde remotísimo tiempo existía en aquel punto (Amagá), una población pequeña formada a expensas de los habitantes del valle de Medellín, y creadora ella misma sucesivamente de los caseríos que debían formar la base de Titiribí y Fredonia".