El nombre Apartadó en dialecto indígena traduce a Río del Plátano, Pata: Plátano, y Do: Río.
Apartadó nace a raíz de la colonización provocada con la apertura de la carretera al mar Caribe de Antioquia, y con la persecución política que hubo en Colombia a partir de 1948, tras el asesinato del líder Jorge Eliécer Gaitán. Aunque la fundación del poblado se remonta a 1907, la iniciación formal de la comunidad data más precisamente de 1949, un año después de iniciada la persecución política. Años más tarde, el lugar se convirtió en un puesto de policía instalado por la municipalidad deTurbo en 1965. A partir de ahí, ese puesto de policía inicial se convirtió en corregimiento de este mismo distrito de Turbo.
Oficialmente, Apartadó nació mediante ordenanza No. 7 de noviembre 30 de 1967. Así, comienza su vida municipal en 1968, hijo del municipio de Turbo y hermano de los municipios vecinos de Necoclí, Arboletes, San Pedro de Urabá, Carepa y Chigorodó, todos parte del territorio conocido como Urabá antioqueño.