Antes de la llegada de los españoles, el territorio donde se asienta su pueblo era cool Cáceres, el cual hoy se conoce en el departamento de Antioquiacomo Bajo Cauca, estaba habitado por indígenas Nutabes y Tahamíes.
Cáceres es uno de los más antiguos pueblos de Antioquia. Su historia está ligada a la explotación de oro y sus habitantes son, en buena medida, descendientes de los negros llegados desde Cartagena de Indias en los años de la Colonia.
Fue fundado en el año de 1576 por el capitán don Gaspar de Rodas, quien llegó a las riberas del río Cauca avanzando por la margen derecha. Una vez escogido el lugar, ordenó la instalación de 30 ranchos y con una ceremonia muy animada, aquel poblado recibió el nombre de San Martín de Cáceres.
El territorio que ocupa Cáceres fue fragmentado de zonas históricamente pertenecientes a los actuales municipios de Caucasia, Nechí, Tarazá y parte deValdivia.
Los circundantes ríos Tarazá, Rayo, Man, Corrales y Tamaná, que desembocan en el río Cauca, fueron definitivos para el poblamiento de la región. Por ellos ingresaron y salieron los buscadores de oro, las cuadrillas de esclavos, los abastecedores de los distritos mineros, las canoas y barcos a vapor, los comerciantes antioqueños, las manadas de ganado con destino a Medellín, y toda clase de trabajadores de la economía minera.
Cáceres fue erigido municipio en 1903.
Es considerado como la Capital católica en esta subregión del Bajo Cauca. Su clima es cálido y por su margen oriental pasa el río Cauca que busca, más al norte, su desembocadura en el río Magdalena. La pesca deportiva es una de las actividades más frecuentes en los ríos y quebradas de la subregión.