A la llegada de las huestes españolas, las tierras de Armenia y Heliconia estaban pobladas por indígenas Titiribíes, Guacos y Arvíes. En 1541, cuando Jorge Robledo buscaba el valle de Arví, encontró el "Pueblo de la sal", donde los indígenas elaboraban panes de sal. Cuando los indios se dieron cuenta de que la soldadesca llegaba, se apresuraron, unos a enterrarse vivos con sus riquezas y otros a esconder sus pertenencias.
Las crónicas refieren así que Heliconia fue el primer pueblo de Antioquia que pisaron los españoles, siendo entonces el más viejo de este departamento visitado por las huestes de la conquista.
Las guacas indígenas y las salinas del territorio de Heliconia les proporcionaron mucha riqueza a los españoles, quienes rápidamente comenzaron a explotarlas. En la plazoleta inmediata a las salinas, don Bernardino Álvarez del Pino levantó la primera capilla de la zona. Durante la Colonia y el siglo XIX, Heliconia fue el mayor productor de sal en Antioquia.
En 1814 el Dictador Don Juan del Corral decretó la fundación de la población de Heliconia, que hasta este momento existía con el nombre de Guaca debido a los entierros indígenas. El poblado recibió el nombre de “San Rafael de Heliconia”. Pese a que el gobierno de entonces deseaba crear en la misma fecha el municipio como tal, la erección no pudo completarse debido a la Guerra de la Independencia.
La erección se produjo sólo en 1831, por decreto del Obispo Dr. Fray Mariano Garnica, con el nombre de Parroquia de San Rafael de Heliconia. En 1831 Heliconia fue erigido distrito municipal.
Aún en la actualidad, los tiempos gloriosos de producción de sal son recordados por sus pobladores