El origen La Estrella se basa en el deseo que tuvieron los indios Anaconas, últimos sobrevivientes de los indígenas que poblaron al valle de Aburrá, de que se les adjudicaran tierras para cultivarlas, sin ser molestados por los blancos. Para lograrlo elevaron petición al gobernador de la provincia en el año de 1682. Decían los peticionarios: "...nos hallamos molestados por unos y otros dueños de tierras y descarriados, sin poder trabajar con el seguro de que sea permanente nuestro trabajo y que lo gocen nuestros hijos..." y señalaban como lugar más apropiado "las tierras que llaman de Viticua y son en esta jurisdicción…". Por decreto del 22 de agosto de 1685 el gobernador de la provincia de Antioquia don Francisco Carrillo de Albornoz comisionó al señor José Vásquez Romero, alguacil mayor interino de la Villa de La Candelaria (Medellín) para que practicara una visita a las tierras indicadas por los Anaconas y al día siguiente desde "Guitagüí" informaba sobre la conveniencia de fundar una población para agrupar a los indígenas dispersos. El señor Juan de Piedrahita y Saavedra, al igual que Vásquez Romero, y como procurador general de la Villa de la Candelaria, daba también informe favorable al proyecto. Quisieron oponerse don Juan Zapata y Muñera y el bachiller Esteban Jaramillo de Andrade así como los herederos de Diego Muñoz.
Se levantó un padrón o censo de los aspirantes a dichas tierras y el 4 de septiembre de 1685 el gobernador Carrillo dictó el decreto de fundación en que se lee: "He tenido por bien de ambas majestades y bien de la causa pública, reducir y congregar dichos indios Anaconas a población y para ello, en virtud de la facultad y poderes reales que tengo desde luego: erijo y crío pueblo, con nombre de Nuestra Señora de La Estrella…". Dos días después Diego Antonio de la Cruz, capitán de los indígenas y Eusebio Jiménez, indio, tomaron posesión de las tierras en el sitio las "Sabanetas" y "los cuales en señal de que tomaban posesión arrancaron yerba, cortaron ramas, se pasearon e hicieros demostraciones…".
Los Anaconas eran indígenas con un alto nivel de vida, ya que a diferencia de otros que vivían semidesnudos, estos estaban completamente vestidos con largas túnicas de algodón. Una vez tomada posesión de las tierras correspondió a don Diego Antonio de la Cruz Capitán de los indios Anaconas y Pedro de Ibarra Alcalde de ellos, realizar el primer censo de los indios Anaconas para la fundación de La Estrella.
Para el año de 1808 La Estrella contaba con cuarenta casas de paja, una casa de teja y tapia con una iglesia de los mismos materiales, con unas 150 familias y el total de 620 indios y ocho esclavos.
La población de La Estrella estuvo bajo la jurisdicción de Medellín, hasta que fue erigido como municipio en 1833.
La Estrella es hoy día, un municipio de gran desarrollo cultural. Su parque, construido en declive por las condiciones de la topografía de la zona, es acogedor. Sus mayores atractivos son rurales, a pesar de tener un desarrollo básicamente urbano. Sus quebradas, cascadas y ante todo la reserva ecológica El Romeral, son los lugares que despiertan el más alto interés de los visitantes.
A partir de 2007 La Estrella está recibiendo un fuerte desarrollo urbanístico, tanto en vías como en construcciones comerciales privadas, especialmente bodegas. También en sus inmediaciones se construirá una nueva Terminal de Transporte que servirá a todo el sur del Valle de Aburrá.