La etnia indígena de los senufanáes, pertenecientes al gran imperio Zenú, fue la que originalmente habitó estas tierras. Durante la conocida expedición de Jorge Robledo en estas regiones antioqueñas, por las vegas del río Cauca hacia el norte, allá por1561, los conquistadores españoles encontraron tres caciques principales: Bolombolo, Popala y Sinifaná. Todavía hoy quedan en el distrito innumerables vestigios y remembranzas indígenas de gran valor arqueológico, antropológico y turístico. Entre ellos están las Cuevas de Santa Catalina, sitio de ofrendas, los Petroglifos vereda La Amalia y La Rana de Cinco Patas en la vereda de Arabia.
Los primeros colonos se establecieron aquí en 1860, dedicados inicialmente a la caña y luego al café. Cerca de la actual población se establecieron varios trapiches. Las haciendas La Amalia, La India y La Loma iniciaron en el país el cultivo del café en grande, y antes de finalizar el siglo XIX eran los más importantes productores de Colombia.
La Hacienda La Amalia no sólo se distinguió como un gran emporio, si no que en la región de La Rita estableció la primera trilladora del Departamento de Antioquia.
En 1898 se creó en el lugar la parroquia de Providencia en honor de San Pablo y Santa Teresita. Esta parroquia dio lugar en1909 a la actual, dedicada a San José, y con cuya creación se creó igualmente el nuevo municipio de Venecia, segregado del territorio de Fredonia.
El distrito lleva el nombre de la ciudad italiana Venecia porque el territorio, al principio, era una laguna. También tuvo en alguna ocasión el nombre de Providencia.
Venecia tiene, en la actualidad, una proyección turística muy importante, que será tenida en cuenta en los megaproyectos turísticos de Antioquia que están en planeación.
En sus inmediaciones, de entrada sorprende Cerro Tusa (Latitud: 5° 57' 59" Norte, Longitud: 75° 46' 15" Oeste), la pirámide natural más alta del mundo. Hay además senderos indígenas con vestigios del trabajo de los aborígenes, y caminos de laarriería que hoy se recorren a caballo. Además disfruta de una oferta hotelera de muy buena calidad. Las fincas cafeteras siguen siendo habituales en los paisajes cercanos al casco urbano. Su corregimiento de Bolombolo, ubicado a orillas del río Cauca, es uno de los destinos turísticos preferidos por los habitantes del municipio.